个人常用网址
1. 导航页
- 生信极客部落:http://www.xiaolvji.com/u/bioinfoclub
- 程序开发资源介绍:https://www.xiaolvji.com/u/qianduan
- w3cschool_编程资源介绍:https://www.w3cschool.cn/tutorial
- runoob_编程资源介绍:https://www.runoob.com
- 廖雪峰官方网站:https://www.liaoxuefeng.com/
- Python系列:
官方python3教程:https://docs.python.org/zh-cn/3/
在线手册中心:https://docs.pythontab.com/ - 爱科学(摸鱼时阅读):https://www.iikx.com/
- 科学网(摸鱼时阅读):http://www.sciencenet.cn/
2. 油菜、课题组数据库
- BnPIR_油菜泛基因组数据库:http://cbi.hzau.edu.cn/bnapus/index.php
- BnTIR_油菜转录组数据库:http://yanglab.hzau.edu.cn/BnTIR
- BnVIR_油菜变异组数据库:http://yanglab.hzau.edu.cn/BnVIR
- BnIR_油菜综合型数据库:http://yanglab.hzau.edu.cn/
- BneQTL_油菜eQTL数据库:https://yanglab.hzau.edu.cn/BneQTL/
- TBGR_芸苔属基因组数据库:http://www.tbgr.org.cn/index.html
- BRAD_芸苔属基因组数据库:http://www.brassicadb.cn/#/
- 3dgwas_课题组专用网页(不开放):http://www.3dgwas.cn/team/index.php
- CottonMD_棉花多组学数据库:http://yanglab.hzau.edu.cn/CottonMD/tutorial
- PFGD_开花期数据库:https://yanglab.hzau.edu.cn/PFGD
- Plant-imputeDB_植物基因型填充工具:http://gong_lab.hzau.edu.cn/Plant_imputeDB#!/
- RGI_水稻同源基因数据库:https://riceome.hzau.edu.cn/
- TGT_小麦同源基因数据库:http://wheat.cau.edu.cn/TGT/
- 植物 Ensemble网址:
植物基因组数据: ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-39/
小麦参考基因组:https://urgi.versailles.inra.fr/download/iwgsc/
油菜基因组:http://www.genoscope.cns.fr/brassicanapus/
3. HZAU、课题组管理
- 华农个人门户:https://portal-paas.hzau.edu.cn/main.html#/Index
- 华农网银缴费系统:http://jccpay.hzau.edu.cn/
- 作重服务器使用:http://hpc.ncpgr.cn/
- 发票真伪查询(金额超2000):https://inv-veri.chinatax.gov.cn/
- 192服务器搭载shiny:http://shiny.chemgrid.org/boxplotr/
4. 课程、博客学习
- 北大数学科学学院李东风课程(R): https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/course/index.htm
- 斯达-R统计学: http://www.sthda.com/english/
- SAM的笔记:https://qinqianshan.com/
- GWAS实验室:https://gwaslab.org/blog/
- LZP的笔记:https://zpliu.gitbook.io/booknote/
- 严涛的笔记:https://taoyan.netlify.app/post/
- 徐洲更的笔记:https://xuzhougeng.top/
- 生信技工的笔记:https://yanzhongsino.github.io/
- 生信技能树系列: 微信公众号及核心成员相关的文章(略) http://www.biotrainee.com/
生信技能树在语雀提供的知识库:https://www.yuque.com/biotrainee - 简书的生信模块:https://www.jianshu.com/nb/21052660
5. 有用的在线小工具
- 微生信在线绘图bioinformatics:http://www.bioinformatics.com.cn/login/
- 脚本之家工具推荐: http://tools.jb51.net/ 其中我最常用的是RGB颜色查询选择器:http://tools.jb51.net/static/colorpicker/
- PPT世界_提供免费的PPT模板:https://www.pptx.cn/
- 赞芽PPT_提供免费的PPT模板:https://www.v5ppt.com/search/728.html
- wordinppt_优质且贵的PPT(参照即可): https://www.wordinppt.com/jxPPT.html
- 纽普生物科技公司序列操作在线工具:https://www.novopro.cn/tools/
- 序列操作工具:
BioPHP:http://www.detaibio.com/sms2/combine_fasta.html
BioJava:https://github.com/biojava/biojava
Bioperl:https://github.com/bioperl
Bioruby:http://bioruby.org/doc/Tutorial.rd.html
Biopython:https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/
6. 生物信息学在线工具(持续更新)
- GPT3.5:https://poe.com/ChatGPT
- MEME:https://meme-suite.org/meme/
- GO富集分析:
agriGO: http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php
david: https://david.ncifcrf.gov/
kobas:http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php
7. 杂七杂八
- 古诗文网:https://www.gushiwen.cn/
- 韩语学习网:http://www.krlearn.com/
- 25个生信自学网站:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMjY4MDE2Mg==&mid=2247484961&idx=1&sn=4bc27f5db53b55440745c4e511d61a55&chksm=9ac7f22cadb07b3a631485af0832c4c7257da7e5cdfd29ac98fca0daf38212bd94dc159dd43b&mpshare=1&scene=24&srcid=0711dgozX7fT6hbcX8shaepo&sharer_sharetime=1594474435630&sharer_shareid=bcf6b380319b470103519770f8033c29#rd
- 常用生物信息在线工具:http://tiramisutes.github.io/2015/08/05/bio-online.html
- 346个基因组可视化工具:https://cmdcolin.github.io/awesome-genome-visualization/?latest=true
- 39个RNAseq数据分析工具对比:http://www.360doc.com/content/17/1002/18/45962007_691819499.shtml
- 测序及测序数据、流程、中间步骤介绍等:
https://wenku.baidu.com/view/134b9bd2aeaad1f346933fd0.html
http://3g.dxy.cn/bbs/topic/29785760?sf=2&dn=4
https://wenku.baidu.com/view/134b9bd2aeaad1f346933fd0.html
https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/60/