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BioINFPer / 2023-07-11 / 原文

1. 导航页

  • 生信极客部落:http://www.xiaolvji.com/u/bioinfoclub
  • 程序开发资源介绍:https://www.xiaolvji.com/u/qianduan
  • w3cschool_编程资源介绍:https://www.w3cschool.cn/tutorial
  • runoob_编程资源介绍:https://www.runoob.com
  • 廖雪峰官方网站:https://www.liaoxuefeng.com/
  • Python系列:
    官方python3教程:https://docs.python.org/zh-cn/3/
    在线手册中心:https://docs.pythontab.com/
  • 爱科学(摸鱼时阅读):https://www.iikx.com/
  • 科学网(摸鱼时阅读):http://www.sciencenet.cn/

2. 油菜、课题组数据库

  • BnPIR_油菜泛基因组数据库:http://cbi.hzau.edu.cn/bnapus/index.php
  • BnTIR_油菜转录组数据库:http://yanglab.hzau.edu.cn/BnTIR
  • BnVIR_油菜变异组数据库:http://yanglab.hzau.edu.cn/BnVIR
  • BnIR_油菜综合型数据库:http://yanglab.hzau.edu.cn/
  • BneQTL_油菜eQTL数据库:https://yanglab.hzau.edu.cn/BneQTL/
  • TBGR_芸苔属基因组数据库:http://www.tbgr.org.cn/index.html
  • BRAD_芸苔属基因组数据库:http://www.brassicadb.cn/#/
  • 3dgwas_课题组专用网页(不开放):http://www.3dgwas.cn/team/index.php
  • CottonMD_棉花多组学数据库:http://yanglab.hzau.edu.cn/CottonMD/tutorial
  • PFGD_开花期数据库:https://yanglab.hzau.edu.cn/PFGD
  • Plant-imputeDB_植物基因型填充工具:http://gong_lab.hzau.edu.cn/Plant_imputeDB#!/
  • RGI_水稻同源基因数据库:https://riceome.hzau.edu.cn/
  • TGT_小麦同源基因数据库:http://wheat.cau.edu.cn/TGT/
  • 植物 Ensemble网址:
    植物基因组数据: ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-39/
    小麦参考基因组:https://urgi.versailles.inra.fr/download/iwgsc/
    油菜基因组:http://www.genoscope.cns.fr/brassicanapus/

3. HZAU、课题组管理

  • 华农个人门户:https://portal-paas.hzau.edu.cn/main.html#/Index
  • 华农网银缴费系统:http://jccpay.hzau.edu.cn/
  • 作重服务器使用:http://hpc.ncpgr.cn/
  • 发票真伪查询(金额超2000):https://inv-veri.chinatax.gov.cn/
  • 192服务器搭载shiny:http://shiny.chemgrid.org/boxplotr/

4. 课程、博客学习

  • 北大数学科学学院李东风课程(R): https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/course/index.htm
  • 斯达-R统计学: http://www.sthda.com/english/
  • SAM的笔记:https://qinqianshan.com/
  • GWAS实验室:https://gwaslab.org/blog/
  • LZP的笔记:https://zpliu.gitbook.io/booknote/
  • 严涛的笔记:https://taoyan.netlify.app/post/
  • 徐洲更的笔记:https://xuzhougeng.top/
  • 生信技工的笔记:https://yanzhongsino.github.io/
  • 生信技能树系列: 微信公众号及核心成员相关的文章(略) http://www.biotrainee.com/
    生信技能树在语雀提供的知识库:https://www.yuque.com/biotrainee
  • 简书的生信模块:https://www.jianshu.com/nb/21052660

5. 有用的在线小工具

  • 微生信在线绘图bioinformatics:http://www.bioinformatics.com.cn/login/
  • 脚本之家工具推荐: http://tools.jb51.net/ 其中我最常用的是RGB颜色查询选择器:http://tools.jb51.net/static/colorpicker/
  • PPT世界_提供免费的PPT模板:https://www.pptx.cn/
  • 赞芽PPT_提供免费的PPT模板:https://www.v5ppt.com/search/728.html
  • wordinppt_优质且贵的PPT(参照即可): https://www.wordinppt.com/jxPPT.html
  • 纽普生物科技公司序列操作在线工具:https://www.novopro.cn/tools/
  • 序列操作工具:
    BioPHP:http://www.detaibio.com/sms2/combine_fasta.html
    BioJava:https://github.com/biojava/biojava
    Bioperl:https://github.com/bioperl
    Bioruby:http://bioruby.org/doc/Tutorial.rd.html
    Biopython:https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/

6. 生物信息学在线工具(持续更新)

  • GPT3.5:https://poe.com/ChatGPT
  • MEME:https://meme-suite.org/meme/
  • GO富集分析:
    agriGO: http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php
    david: https://david.ncifcrf.gov/
    kobas:http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php

7. 杂七杂八

  • 古诗文网:https://www.gushiwen.cn/
  • 韩语学习网:http://www.krlearn.com/
  • 25个生信自学网站:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMjY4MDE2Mg==&mid=2247484961&idx=1&sn=4bc27f5db53b55440745c4e511d61a55&chksm=9ac7f22cadb07b3a631485af0832c4c7257da7e5cdfd29ac98fca0daf38212bd94dc159dd43b&mpshare=1&scene=24&srcid=0711dgozX7fT6hbcX8shaepo&sharer_sharetime=1594474435630&sharer_shareid=bcf6b380319b470103519770f8033c29#rd
  • 常用生物信息在线工具:http://tiramisutes.github.io/2015/08/05/bio-online.html
  • 346个基因组可视化工具:https://cmdcolin.github.io/awesome-genome-visualization/?latest=true
  • 39个RNAseq数据分析工具对比:http://www.360doc.com/content/17/1002/18/45962007_691819499.shtml
  • 测序及测序数据、流程、中间步骤介绍等:
    https://wenku.baidu.com/view/134b9bd2aeaad1f346933fd0.html
    http://3g.dxy.cn/bbs/topic/29785760?sf=2&dn=4
    https://wenku.baidu.com/view/134b9bd2aeaad1f346933fd0.html
    https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/60/