生信phageannotator安装

rainsc / 2024-09-02 / 原文

  1. 创建 Conda 环境

    conda create -n phageannotator_env python=3.8
    conda activate phageannotator_env
    
  2. 安装 Nextflow

    • 通过 Conda 安装 Nextflow:
      conda install -c bioconda nextflow
      
  3. 安装 nf-core

    • 通过 pip 安装 nf-core 工具:
      pip install nf-core
      
  4. 下载和安装 nf-core/phageannotator

    • 使用 nf-core 工具下载 phageannotator 工作流:
      nf-core download phageannotator
      
  5. 运行 nf-core/phageannotator

    • 根据项目的需求配置和运行工作流,具体可以参考 nf-core/phageannotator 的文档。

问题:

下载失败可以执行pip install --upgrade nf-core更新再执行第三步