CRISPR | 编辑结果检查 | 小工具

Digital-LI / 2023-07-21 / 原文

 

可怕的是你不知道自己不知道什么,CRISPR看似简单,敲了就完事了吗?No,你得检查到底编辑了个啥。

Sanger测序 + TIDE可以告诉你编辑的结果,但具体结果是什么还得你自己手动查看。

 

FinchTV - 可以直接从Sanger测序结果看到编辑的位点

ensembl cDNA查看ORF - 需要点进gene最长的transcript

 

核心要点:

  • 知道主要的编辑是insertion还是deletion,几个碱基
  • 这样的编辑会导致stop codon在哪里出现
  • 推测出主要的/最坏的编辑结果

 

抗体的结合位点是可以知道的,而且非常重要,尤其是在CRISPR KO的结果研究里。

 

比如我的抗体JARID2 - Jumonji/JARID2 Antibody

A synthetic peptide made to an N-terminal portion of the human JARID2 protein sequence (between residues 1-100). [UniProt# Q92833]