08 Eggnog功能注释
1、介绍
EGGNOG (Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups)是一种用于基因功能注释的工具。它通过比较各个物种的蛋白质序列来进行分析，并根据这些序列的相似性将其聚类成不同的基因家族（orthologous groups）。
EGGNOG数据库包含了超过2000个受到广泛关注的生物物种，可以对酵母菌、植物、微生物等各种生物进行注释。在基因功能注释中，EGGNOG通常被用来确定一个给定基因的可能的功能和演化历史，还可以预测未知的功能，有助于揭示生物进化和基因调控机制。
通常，EGGNOG会提供如下信息：该基因所在的orthologous group ID、主要的功能描述、KEGG通路注释、GO术语注释等。使用EGGNOG进行基因功能注释可以为研究者提供关于基因功能以及在演化上所发挥的作用的重要线索，是宏基因组研究中常用的工具之一。
2、数据库
EGGNOG（Evolutionary Genealogy of Genes: Non-supervised Orthologous Groups）功能注释数据库是一种基于比较基因组学分析建立的工具，旨在对未知蛋白质进行功能预测。该数据库利用了数百个全基因组序列数据集和人工智能算法来确定同源蛋白质，并将蛋白质分配到揭示其作用的特定功能类别中。
EGGNOG数据库包含许多不同的注释文件，如：
- eggNOG：每个基因组中所有编码蛋白质的非监督簇分类。
- KOGs： Clusters of Eukaryotic Orthologous Groups，包含七个不同的欧克拉德表型物种，由他们之间共有的蛋白质类群组成。
- COGs：Clusters of Orthologous Groups for Prokaryotic genomes， 由Prokka注释和推断出来的大约5000个原核生物基因组集合而成。
- Additional files：这些文件包括蛋白质注释信息、同源基因的表达水平以及其他实验数据等。
通过使用EGGNOG进行宏基因组分析，我们可以轻松地将新基因预测与已知基因进行比较，并为新基因的功能提供初步预测。这种分析工具使得宏基因组学研究人员能够更好地理解不同微生物之间的共同特征及其在不同环境中的适应性。